A religião de Machado de Assis é tema em disputa: a leitura mais comum o vê como um cético, mas há estudiosos que defendem a presença forte do catolicismo em sua vida e em sua obra. As fontes consultadas não permitem cravar uma fé nem a ausência dela.
Do lado do catolicismo, biografias registram o convívio, na juventude, com um padre, Silveira Sarmento, apontado por alguns biógrafos como seu professor de latim, e a Bíblia e temas cristãos aparecem em crônicas e romances. A pesquisadora Maria Eli de Queiroz, no livro Machado de Assis e a religião, reuniu o que considera provas abundantes de que ele não era ateu.
Do lado do ceticismo, a maioria dos críticos e biógrafos o viu como um cético de estilo inglês. Sua afilhada, Francisca de Bastos Cordeiro, contou que ele recusou a confissão e a extrema-unção, relato que alimenta a controvérsia. Em Memórias Póstumas de Brás Cubas, no capítulo CLVII, o filósofo Quincas Borba diz que o Humanitismo "há de ser também uma religião", mas isso é fala de personagem e ironia do autor, não uma crença dele. Estudos como o de Eunice Piazza Gai (2008) tratam a dúvida e a suspensão do juízo como marcas do estilo machadiano.
No Clavis: Memórias Póstumas de Brás Cubas, Quincas Borba.