O tema principal de Memórias do Subsolo é a razão diante da liberdade: o livro defende que o cálculo e o interesse não esgotam o homem, e mostra o preço dessa defesa, porque quem recusa a tabela e o palácio de cristal fica sem o que pôr no lugar.
O homem do subsolo tem tudo para agir, com lucidez, argumento e ocasião, e não age, porque a consciência lhe devolve em cada causa outra causa. A saída que ele oferece é o capricho, o querer independente, que só prova a liberdade quando contraria o próprio interesse, e essa prova repetida vira o sofrimento que, diz ele, o homem ama tanto quanto o bem-estar.
Em volta desse núcleo giram os seis temas do livro. A razão é o alvo da Primeira Parte, com o dois e dois são quatro e o palácio de cristal. Destino e livre-arbítrio é a disputa com o muro de pedra e a tecla de piano. O sofrimento é, para ele, a causa da consciência. A ação e inação aparece na inércia consciente do capítulo XI. O orgulho e o amor dominam a Segunda Parte: a vaidade ferida que faz do narrador alguém que só sabe tiranizar quem se aproxima, e que não suporta ser acolhido por Liza.