O tema principal de O Idiota é o que uma bondade sem cálculo consegue num mundo em que tudo tem preço, e o que a compaixão custa a quem a oferece. O livro não pergunta se a bondade é desejável, pergunta se ela sobrevive.
A Primeira Parte põe o preço em cena: os setenta e cinco mil de Totski, os dezoito, quarenta e cem mil de Rogójin, os cem mil na lareira; o príncipe é o único que não faz lance. A Segunda mostra a compaixão diante de adultos: Rogójin a ouve como superioridade, o grupo de Burdóvski como esmola, Hippolit como ofensa, e o príncipe chega à máxima de que "a compaixão é a lei principal e, talvez, a única da existência de toda a humanidade". A Terceira dá a palavra à objeção, na Explicação de Hippolit. A Quarta cobra a conta.
Em volta desse eixo aparecem os temas menores: a beleza, que o príncipe não consegue julgar e que Hippolit sente como exclusão; a fé, posta à prova pelo Cristo morto de Holbein; a loucura, na palavra idiota; a morte, nas cenas da guilhotina e do fuzilamento que o príncipe conta; e a verdade e a mentira, no general Ívolguin e em Liébediev, que se confessam e voltam a mentir diante de alguém que os acolhe.
Há duas leituras do desfecho. Na primeira, a bondade é derrotada pela engrenagem social sem ser desmentida. Na segunda, ela vê tudo e não escolhe ninguém, como acusa Radomski. O texto sustenta as duas.