A Eneida tem doze livros, divididos em duas metades de seis: os livros 1 a 6 contam a viagem de Enéias de Troia à Itália, e os livros 7 a 12 contam a guerra no Lácio.
A primeira metade refaz a Odisseia, de Homero, com viagem, tempestade e errância. O livro 1 mostra a tempestade e a chegada a Cartago. O livro 2 conta a queda de Troia, e o livro 3 a errância pelo mar, ambos narrados pelo próprio Enéias a Dido, num banquete, depois de ela pedir que ele conte desde o princípio. O livro 4 é o de Dido, o livro 5 traz os jogos em honra de Anquises, e o livro 6 a descida ao mundo dos mortos.
A segunda metade refaz a Ilíada, com guerra, exércitos e catálogo de chefes. O livro 7 traz Enéias ao Lácio, e Virgílio interrompe a narração para invocar a musa Erato e dizer que nasce "uma ordem maior de acontecimentos", uma obra maior. O livro 8 é o do escudo e da visita a Evandro, o livro 9 o do cerco ao acampamento, o livro 10 o da batalha em que morrem Palante e Mezêncio, o livro 11 o de Camila, e o livro 12 o do duelo com Turno.
Vale notar que a ordem do poema não é a ordem dos fatos. Ele começa com Enéias já no mar, a caminho da Itália, e só nos livros 2 e 3 volta atrás para contar a queda de Troia e os anos de errância. Quem lê fica sabendo da queda de Troia ao mesmo tempo que Dido a ouve.