O tema central de Júlio César é o tiranicídio: a peça pergunta se é legítimo matar um homem para impedir um mal que ainda não aconteceu, e mostra o que o assassinato provoca. Em torno dele giram o poder, a lealdade e a traição, a honra, o destino e o poder das palavras.
A pergunta nasce de Bruto. No Ato II, cena 1, ele admite que não tem motivo pessoal contra César e que o mata pelo que ele poderia se tornar, uma vez coroado. Na peça, porém, César não chega a ser rei: a coroa que ele recusa nas Lupercais é contada por Casca, que acha que ele a queria mas admite que não prestou atenção.
O que vem depois ocupa o resto da peça. Sobre o corpo de César, Antônio profetiza fúria civil na Itália e, no Fórum, vira o povo contra os conspiradores pelas palavras. No Ato IV, ele, Otávio e Lépido marcam quem deve morrer, e Bruto e Cássio acabam derrotados em Filipos, enquanto a peça se fecha com a ordem de Otávio.
Outros fios correm junto. Bruto responde que "não foi por amar menos a César, mas por amar Roma ainda mais", e é Antônio, o inimigo, quem o chama de mais nobre dos romanos. Cássio afirma que a culpa não está nas estrelas, mas em nós, e em Filipos passa a dar crédito em parte aos presságios. E o poeta Cina é morto pela multidão só por ter o mesmo nome de um conspirador.