O tema principal de Crime e Castigo é o que acontece com um homem que se dá, por causa de uma ideia, o direito de matar: o livro não pergunta se Raskólnikov será pego, mas o que o crime faz a quem o comete e o que a razão, sozinha, consegue ou não sustentar.
A polícia não tem prova. O cerco é feito pela consciência dele, por Porfiri, que o entende antes de qualquer evidência, e por Sônia. Logo depois do crime, o narrador fala de "uma sensação sombria de solidão atormentadora e sem fim", e o corpo entrega o que a cabeça nega: ele examina a roupa em busca de sangue, esconde o roubo sem olhar a bolsa, desmaia na delegacia. A teoria cai antes do castigo.
Em torno desse eixo giram temas ligados. A razão: Razumíkhin diz que "a alma viva não vai se submeter à mecânica", e Raskólnikov parte da conta de uma morte contra cem vidas. O orgulho: no Epílogo, ele adoece "de orgulho ferido". A culpa, a compaixão e o sofrimento: Porfiri diz que "no sofrimento há uma ideia". O dinheiro e a miséria: Razumíkhin, com a mesma pobreza e a mesma faculdade interrompida, não chega à mesma conclusão. E a redenção, oferecida por Sônia como rito e por Porfiri como caminho.
O desfecho não resolve a teoria, suspende: em vez da dialética, diz o narrador, "chegou a vida". Leitores veem aí a resposta religiosa que uma vida dá a uma tese sem precisar argumentar; outros veem a recusa do livro em demonstrar a mudança que anuncia. As duas leituras convivem.