O livro O Cortiço se passa no Rio de Janeiro, no bairro de Botafogo, onde ficam a venda e a estalagem de João Romão, o sobrado de Miranda e a pedreira, a partir dos anos 1870.
Quase tudo acontece num pedaço do bairro: de um lado a venda de João Romão e o cortiço que ele levanta, separados por um muro com portão do sobrado do negociante Miranda, e ao fundo a pedreira. O livro abre dizendo que o antigo patrão de João Romão enriqueceu "nos refolhos do bairro do Botafogo", e o plano de João Romão é criar uma estalagem tão grande que mate "toda aquela miuçalha de cortiços que alastravam por Botafogo".
Alguns capítulos saem dali. A emboscada de Firmo é na Praia da Saudade. Rita Baiana passa meses de folia em Jacarepaguá, e, depois da morte de Firmo, ela e Jerônimo vão morar numa estalagem da Cidade Nova, de onde ele trabalha na pedreira de São Diogo. Pombinha casa na igreja de São João Batista. No último capítulo, João Romão espera a família de Miranda numa confeitaria da Rua do Ouvidor e vê passar uma vitória no Largo da Carioca. Jerônimo, ferido, é levado ao hospital da Ordem de Santo Antônio.
A cidade é o Rio do Império, de portugueses no comércio e de cortiços; o contexto da época está na pergunta sobre o contexto histórico do livro.