Pelo que o livro mostra, o tema central de O Cortiço é a ambição de João Romão e o que ela custa a quem está ao redor: o vendeiro sobe até a porta de um casamento rico e de um título, enquanto o cortiço que ele levanta cresce, se limpa e empurra a gente mais pobre para o cortiço rival.
O narrador diagnostica a ambição logo no primeiro capítulo, e a descreve como doença: "Aquilo já não era ambição, era uma moléstia nervosa, uma loucura, um desespero de acumular". João Romão vende o ovo de que gosta, furta pedra da pedreira, faz a conta de que os setenta mil-réis do cavouqueiro "voltar-me-ão à gaveta" e, depois do incêndio, arranca de Libório as garrafas de dinheiro e, ao ver as cédulas prescritas, lamenta não as ter tomado antes, com a frase "Seria um ato de justiça!". O que ele quer muda ao longo do livro: o vintém, o título que Miranda recebe, a filha do vizinho e, por fim, ser "um titular mais graduado que o Miranda".
A diferença de classe aparece no desenho do lugar: o sobrado de Miranda olha o cortiço de cima, e o vizinho de quem Miranda tem inveja acaba genro dele. O cortiço, por sua vez, se aristocratiza: ganha lampiões, varandas e carta de fiança, e os moradores que fizeram a estalagem crescer vão para o Cabeça-de-Gato.
O livro também trata de como o meio age sobre as pessoas, segundo o narrador. Jerônimo chega sério e poupado, e o calor, a comida e a música da terra o levam: "Jerônimo abrasileirou-se". Piedade, que cuidava das roupas, acaba bêbada na cozinha, e o narrador conclui sobre a filha dela: "A cadeia continuava". A escravidão entra como enredo e como época: é ela que permite a João Romão enganar Bertoleza e depois se livrar dela.