O resumo de O Cortiço por capítulo, em nove blocos que cobrem os 23 capítulos numerados, é o que segue; o romance não tem títulos de capítulo.
Capítulos I e II: João Romão herda a venda do patrão e passa a viver de privações. Guarda as economias de Bertoleza, escrava, e lhe lê uma carta de liberdade que ele mesmo forjou. Com pedra furtada, levanta a Estalagem de São Romão ao lado do sobrado de Miranda, que o inveja e sonha com um título.
Capítulos III a V: o cortiço acorda numa manhã de trabalho, e o livro mostra os moradores tina a tina, entre eles Pombinha. João Romão contrata o cavouqueiro Jerônimo por setenta mil-réis, e ele chega com a mulher, Piedade, ao cômodo 35.
Capítulos VI e VII: num domingo, Rita Baiana volta ao cortiço. Miranda grita da janela contra o barulho, e à noite o chorado de Firmo e Porfiro cala o fado e prende Jerônimo à dança de Rita.
Capítulos VIII e IX: Jerônimo adoece, e Rita o trata. Aos poucos ele troca os hábitos de aldeão pelos da terra, e Piedade procura a Bruxa. Leocádia é despejada, Florinda engravida, e João Romão se recusa a pagar o dote dela.
Capítulos X e XI: Miranda vira Barão do Freixal, e João Romão sente o que lhe falta. Numa noite de samba, Firmo fere Jerônimo com a navalha, e o cortiço se une contra a polícia. Pombinha passa uma tarde na casa de Léonie.
Capítulos XII a XIV: Pombinha casa. Nasce o cortiço rival, o Cabeça-de-Gato, e João Romão muda de roupa e de pretensões e ajusta com Botelho o caminho até Zulmira, a filha de Miranda. Jerônimo volta do hospital decidido a se vingar.
Capítulos XV a XVII: Jerônimo, com dois companheiros, atrai Firmo à Praia da Saudade e o mata, e vai viver com Rita. Piedade briga com Rita, os capoeiras do Cabeça-de-Gato invadem o São Romão para vingar Firmo, e a batalha só termina quando a Bruxa põe fogo no cortiço.
Capítulos XVIII a XX: no incêndio, João Romão toma as garrafas de dinheiro de Libório, e o seguro paga a reconstrução. Ele ergue um sobrado mais alto que o de Miranda e corteja Zulmira, o cortiço vira Avenida São Romão, e Piedade cai na bebida.
Capítulos XXI a XXIII: com o casamento com Zulmira decidido, João Romão resolve devolver Bertoleza ao antigo senhor. O cortiço se aristocratiza, e Pombinha vira cocote. O filho do antigo senhor chega com dois policiais, Bertoleza se mata, e uma comissão de abolicionistas traz a João Romão o diploma de sócio benemérito.