Leo Naphta é o segundo pedagogo do romance: professor de línguas antigas, ex-aluno de um colégio jesuíta e membro da Companhia de Jesus, que entra no capítulo VI como adversário de Settembrini e defende a fé, a autoridade, a Cidade de Deus e a "necessidade do terror".
Mora no vilarejo, na casa de um alfaiate, como vizinho de Settembrini, e o texto o descreve todo em arestas: nariz adunco, lábios finos, óculos grossos. A biografia explica a violência das ideias: filho de um açougueiro ritual judeu que morreu crucificado num motim, foi recolhido por um jesuíta, converteu-se e só não chegou a padre porque a doença o deteve no subdiaconato.
Nos debates, nega que exista conhecimento neutro em relação à fé, com o "Creio para compreender" de Santo Agostinho, e sustenta que "quanto mais enfermo, tanto mais humano". Nem diante do corpo de Joachim suspende a disputa. No capítulo VII, com a saúde piorando, leva a briga com Settembrini a um duelo; quando o adversário atira para o ar, Naphta o chama de covarde e atira na própria cabeça.
O romance não o derrota por argumento. Naphta morre pela mesma lógica de Peeperkorn: uma convicção levada até o fim, sem meio-termo, que força uma discussão espiritual a terminar em sangue.