O tema central de A Montanha Mágica é o tempo: o que a duração, o hábito e a doença fazem com uma pessoa afastada da vida comum. Em torno dele, o romance trata da morte, da formação de um jovem sem rumo e do choque entre as ideias que disputavam a Europa antes da Grande Guerra.
Hans Castorp sobe a um sanatório em Davos para uma visita de três semanas e fica sete anos. O narrador avisa logo no começo que vai contar a história com exatidão e minúcia, e a extensão é proposital: a duração é o próprio instrumento do livro, e um romance sobre o que a duração faz com uma pessoa não poderia ser curto. A tese aparece no Excurso sobre o sentido do tempo, no capítulo IV: o hábito enfraquece o senso de tempo, e o tédio é uma "brevidade mórbida" provocada pela monotonia.
Os outros temas passam pelo mesmo eixo. A doença retém quem sobe são; a morte vai do enterro do avô, na infância, à morte do primo Joachim; e os dois pedagogos, Settembrini e Naphta, disputam a cabeça do protagonista sem que o romance dê razão a nenhum deles. Por baixo de tudo está uma pergunta que o capítulo II formula: a época de Hans Castorp não sabe responder ao "para quê?", e um jovem sem essa resposta fica aberto a qualquer sistema que lhe ofereçam.