O Brás Cubas do romance é um personagem inventado por Machado de Assis. Mas o nome é de um homem real: Brás Cubas, fidalgo português do século XVI, capitão-mor na capitania de São Vicente, a quem se atribui a fundação da vila de Santos e que morreu em 1592.
O próprio livro trata dessa coincidência no capítulo III, "Genealogia". O narrador conta que o fundador verdadeiro da família foi um tanoeiro chamado Damião Cubas, e que o pai do narrador, bisneto de Damião, envergonhado de um sobrenome que lhe cheirava excessivamente a tanoaria, tentou primeiro se entroncar na família do capitão-mor, "aquele meu famoso homônimo", e por isso deu ao filho o nome de Brás. A família do capitão-mor recusou o parentesco, e o pai inventou então que o sobrenome vinha de um cavaleiro que arrebatara trezentas cubas aos mouros.
O episódio é a primeira piada do livro sobre a vaidade da família: o nome do herói histórico serve para disfarçar a origem humilde, e o narrador, já morto, desmonta a farsa sem cerimônia.