O tema central é uma vida sem obra contada por quem, por estar morto, diz o que os vivos calam: o interesse que move a gente da sua classe, a começar pelo próprio narrador.
Três fios atravessam o livro. O primeiro é a ideia fixa da glória: o emplasto nasce do gosto de ver o nome impresso, o pai quer o filho deputado, e Brás quer ser ministro e não chega lá. O segundo é o amor e o seu preço: Marcela o ama "durante quinze meses e onze contos de réis", e o caso com Virgília, que é casada, exige uma casinha escondida e uma guardiã, porque ela não separa o amor da consideração pública. O terceiro é a lei do vencedor: no delírio, a Natureza explica que a onça mata o novilho porque o raciocínio da onça é que ela deve viver; o menino Brás monta o moleque Prudêncio, e Prudêncio, já liberto, castiga na rua o escravo que é seu. Quincas Borba dá a essa lei uma doutrina, o Humanitismo.
Há ainda o tema da própria forma. O narrador interrompe a história, conversa com o leitor, corrige capítulos anteriores e escreve capítulos de uma linha, de modo que o jeito de contar vira assunto do livro. Brás define a obra como "filosofia desigual" e, no prólogo, diz que a escreveu "com a pena da galhofa e a tinta da melancolia": o riso é o instrumento, e a melancolia, a matéria.