Rubião, professor de Barbacena, herda tudo de um filósofo moribundo, Quincas Borba, com a única condição de cuidar do cão que leva o nome do dono. Muda-se para o Rio, conhece no trem um casal, os Palha, que o guia em cada passo, apaixona-se pela mulher do amigo e termina louco, achando-se Napoleão III, de volta à cidade onde começou. O romance abre com ele já rico, à janela da casa de Botafogo (capítulo I), e só depois recua.
Barbacena e a herança
Em 1867, em Barbacena, o filósofo Quincas Borba, que vive com um grão de sandice, tem Rubião, irmão da viúva Piedade, como único amigo e é tratado por ele durante seis meses (capítulo IV). Deu seu nome ao cão para sobreviver no nome dele (capítulo V) e explica a Rubião a doutrina de Humanitas: pela morte da avó, atropelada por uma sege cujo dono tinha fome, diz que não há morte e que a guerra conserva. Rubião aceita ser discípulo (capítulo VI). Antes de partir para o Rio, o filósofo registra o testamento e confia o cão a Rubião (capítulo VIII). Do Rio manda uma carta em que diz ser Santo Agostinho, e Rubião, que a julga delírio, esconde-a do médico por medo de que o testamento seja anulado (capítulo X). Os jornais da Corte trazem a morte do filósofo (capítulo XI), e Brás Cubas escreve a Rubião dando a notícia (capítulo XIII).
O testamento faz de Rubião herdeiro universal, com uma só condição: guardar o cão, tratá-lo como pessoa, enterrá-lo entre flores e guardar-lhe os ossos numa urna (capítulo XIV). Como já dera o cão à comadre Angélica, Rubião corre a recuperá-lo, temendo perder a herança (capítulo XVI). Em casa, entende só agora a alegoria das tribos famintas e se vê como vencedor (capítulo XVIII). Manda rezar missa pelo amigo (capítulo XIX) e parte para o Rio (capítulo XX).
Rubião na Corte
No trem, Rubião senta-se diante de Cristiano Palha e de Sofia e conta a herança, que calcula em não menos de trezentos contos. Os olhos de Palha brilham quando Rubião diz que fica na Corte e talvez vá à Europa, mas ao ouvir a herança ele já não brilha, reflete, e pede discrição (capítulo XXI). Palha o guia: indica um advogado, parente seu, convida-o a jantar em Santa Teresa (capítulo XXIII) e festeja o fim do inventário quando cai a denúncia que acusava o filósofo de demência (capítulo XXV). Rubião muda-se para Botafogo, e Palha o acompanha nas compras (capítulo XXVI). No jardim, debate-se com a tentação por Sofia, mulher do amigo (capítulo XXVIII).
Rubião recebe Freitas, parasita que vai muitas vezes almoçar ou jantar, elogia tudo e sai com charutos nos bolsos (capítulo XXIX), e Carlos Maria, moço lento, frio e superior (capítulo XXXI). Sofia manda morangos e um bilhete que, por ordem do marido, intima Rubião a jantar em Santa Teresa (capítulo XXXII). Em Santa Teresa, D. Tônica, solteira, vê nele o marido que o Céu lhe reservaria e percebe os olhares dele e de Sofia (capítulo XXXVII). No jardim, ao luar, Rubião, de repente loquaz, compara os olhos dela a estrelas (capítulo XXXIX) e lhe faz uma proposta sem recato (capítulo XL). Sofia suplica e Rubião só afrouxa a mão que a retém (capítulo XLI); o Major Siqueira, pai de D. Tônica, surge no jardim e vê as duas mãos presas, mas ela inventa a anedota do Padre Mendes para cobrir a demora, e Rubião, desajeitado, sustenta a mentira (capítulo XLII). Em casa, D. Tônica chora a raiva e a solteirice (capítulo XLIII), e Rubião desce o morro entre remorso e esperança (capítulo XLV).
Sofia conta o que houve a Palha, que minimiza o caso até confessar que deve muito dinheiro a Rubião, e o narrador revela que o bilhete dos morangos fora redigido por ele e apenas copiado por Sofia (capítulo L). Envergonhado, Rubião decide ir a Minas, mas Camacho, o político que o conquistara num almoço (capítulo LVIII), o corta no caminho (capítulo LVI). Camacho e Palha se entendem pelo olhar e seguram Rubião na Corte, um propondo acompanhá-lo depois, o outro acenando com a cadeira de deputado (capítulo LIX). Rubião salva um menino sob um carro na Rua da Ajuda (capítulo LX) e entra com cinco contos na Atalaia, a folha de Camacho (capítulo LXI), que depois publica uma coluna inteira sobre o salvamento (capítulo LXVII). Em Santa Teresa conhece a tia e a prima de Sofia, Maria Benedita, moça da roça (capítulo LXIV).
Os Palha sobem
Rubião torna-se sócio de Palha sem entender os números, e no baile em que Maria Benedita cronometra a valsa de Sofia com Carlos Maria, o moço se declara a Sofia, dizendo ter passado uma hora entre o mar e a casa dela (capítulo LXIX). Ele inventara a hora na praia, nem fora lá, e Sofia a repete na memória como um trecho musical teimoso (capítulo LXXIII, capítulo LXXIV). Rubião, atormentado pelo ciúme de um rival, sonda Carlos Maria (capítulo LXX). Aconselhado pelo major a casar (capítulo LXXVIII), sonha casamentos com noivas de título que acabam com o rosto de Sofia (capítulo LXXXII), e Palha tem um palpite: Rubião é que vai casar com Maria Benedita (capítulo LXXXIII).
Na Praia Formosa, um cocheiro conta que levou um moço de bigodes e olhos grandes à Rua da Harmonia, onde uma dama de véu chegou depois, a pé, e entrou (capítulo LXXXIX), e Rubião passa os capítulos seguintes procurando nisso a prova contra Sofia (capítulo XC). Acha uma carta com a letra dela para Carlos Maria (capítulo XCIX), e Camacho oferece uma candidatura a deputado (capítulo C). No enterro de Freitas, que ele custeia, o coupé faz os curiosos tomá-lo por senador (capítulo CI). Rubião despeja o que sente a Sofia no Flamengo (capítulo CIII) e lhe entrega a carta (capítulo CIV). Era a circular da comissão, e Sofia, de raiva de si, quebra o mandarim de porcelana (capítulo CV). O narrador diz então ao leitor que o cocheiro não deu nomes nem contou caso verdadeiro: a calúnia foi do leitor e de Rubião (capítulo CVI).
Afastado do Flamengo, Rubião assina cinco contos na subscrição de Sofia e pede dez a Palha, que guarda seus títulos e acaba cedendo (capítulo CVIII). Sonha com Palha açoitando Sofia e com uma carruagem triunfal (capítulo CIX) e emenda um artigo de Camacho (capítulo CXI), a ponto de se ter por autor do que lera (capítulo CXIII). Manda um brilhante a Sofia, ouve dela a explicação da carta, com uma lágrima, e a notícia de que Maria Benedita vai casar (capítulo CXV). Descobre que o noivo é Carlos Maria, e que tomara uma pessoa por outra (capítulo CXVI). Maria Benedita o amava em silêncio desde o baile da Rua dos Arcos, e foi Dona Fernanda, prima dele, que decidiu casá-los e depois lhe arrancou a confissão (capítulo CXVIII). Carlos Maria passa a gostar dela ao saber que é adorada (capítulo CXX), e os dois casam e partem para a Europa (capítulo CXXIV).
Voltando do paquete, Palha propõe desfazer a sociedade, dizendo que vai dirigir um banco (capítulo CXXVIII). O banco não existia: o narrador revela que Palha prospera com ações, apólices e fornecimentos de guerra e já pensa em palacete e baronia (capítulo CXXIX). O Major Siqueira se queixa de que os Palha não o convidaram ao aniversário nem ao casamento (capítulo CXXX), e D. Tônica adia um vestido para comprar conservas para o jantar de Rubião (capítulo CXXXII).
O delírio imperial
A lenda do ricaço discípulo de filósofo atrai comensais, que jantam às seis em ponto, com ou sem o dono (capítulo CXXXIII), e sobre a secretária de Rubião ficam os bustos de Napoleão I e Napoleão III (capítulo CXXXIV). Sofia, louvada pela imprensa, corta as amizades modestas (capítulo CXXXVIII). Num passeio à Tijuca, distraída, chicoteia o cavalo com raiva e cai (capítulo CXLIII). Em janeiro de 1870, o barbeiro Lucien deixa em Rubião só a pêra e os bigodes, copiando o busto de Napoleão III (capítulo CXLVI).
Ao visitar Sofia, Rubião entra atrás dela no coupé (capítulo CL) e baixa as cortinas (capítulo CLI). Fala-lhe como amante, evoca um encontro que nunca houve, pede que o chame de Luís e promete a Palha um título de duque (capítulo CLIII). A notícia da mania se espalha (capítulo CLV), e com a guerra franco-prussiana as crises ficam mais agudas, com os comensais promovidos a marechais (capítulo CLVI). Sofia, vendo no mal dele o efeito do amor por ela, sente uma compaixão feita de simpatia e egoísmo (capítulo CLVII). Num dia de chuva revolve os nomes do passado, entre eles o de Carlos Maria, figura aborrecida, num desejo sem objeto que não retém nome nenhum (capítulo CLIX), e o sol recusa luz a esse desejo (capítulo CLX), e a vontade que parecia imperiosa vira veleidade (capítulo CLXIII).
Palha instala Rubião e o cão numa casinha da Rua do Príncipe (capítulo CLXV), e os amigos de Botafogo não o seguem (capítulo CLXVI). O Dr. Falcão, médico e deputado, o examina e crê que pode sarar (capítulo CLXVII). Carlos Maria e Maria Benedita voltam da Europa (capítulo CLXIX), e Rubião invade a sala deles, anuncia a queda do Ministério e oferece uma pasta a Carlos Maria (capítulo CLXXI).
A queda e a volta a Barbacena
Teófilo, marido de Dona Fernanda, chega abatido por não entrar no novo Ministério (capítulo CLXXIV) e é consolado com uma presidência de província (capítulo CLXXVII). Rubião perde os interlocutores: Camacho o recebe com frieza (capítulo CLXXIX), e o Major Siqueira o conduz à porta com a história de um coche, enquanto D. Tônica, que o requestara, noiva de Rodrigues, viúvo e empregado do Ministério da Guerra (capítulo CLXXX, capítulo CLXXXI).
Rubião passa pela Rua da Ajuda gesticulando para uma imperatriz invisível, seguido por moleques (capítulo CLXXXII), e o pai de um menino que ele salvara o reconhece (capítulo CLXXXIII). Palha, com o Dr. Falcão, o interna numa casa de saúde (capítulo CLXXXV), e o Dr. Falcão conclui que Rubião foi amante da mulher de Palha (capítulo CLXXXVI). Na casa abandonada da Rua do Príncipe, Sofia mal disfarça o asco, e Dona Fernanda se comove com o cão magro (capítulo CLXXXVIII). Palha apura três contos e duzentos dos bens de Rubião (capítulo CXCI), e em outubro Sofia inaugura os salões de Botafogo com um baile (capítulo CXCII).
Rubião some da casa de saúde (capítulo CXCIII). Dias antes, Palha o achara são, dera-lhe cem mil-réis e pedira ao diretor que não precipitasse a alta (capítulo CXCIV). Rubião e o cão chegam a Barbacena, e ele grita o lema que havia esquecido (capítulo CXCV). Uma tempestade desaba (capítulo CXCVI), os dois vagam a noite ao relento, e Rubião toma as estrelas por lustres de salão (capítulo CXCVII). A comadre Angélica o abriga, e ele, com febre, fala do rei da Prússia capturado (capítulo CXCIX). Morre poucos dias depois, pondo na cabeça uma coroa que só ele vê (capítulo CC). O cão adoece, foge atrás do dono e amanhece morto na rua, e o narrador manda o leitor chorar ou rir (capítulo CCI).