Madame Bovary termina com a vitória de Homais: depois do suicídio de Emma e da morte de Charles, o farmacêutico prospera em Yonville, e a última frase do livro registra que ele "Acaba de receber a Legião de Honra."
Emma morre no capítulo 8 da Parte III, envenenada com o arsênico que comeu na farmácia de Homais, depois da unção do padre e de um "riso atroz" ao ouvir na rua a canção do cego. Charles quer enterrá-la com o vestido de noiva. Depois escreve felicitações pelo casamento de Léon, acha no sótão a carta de ruptura de Rodolphe, que lê como sinal de um amor talvez platônico, e, endividado, vende as pratas e os móveis da sala, mas conserva o quarto dela como estava. Só mais tarde encontra na escrivaninha as cartas de Léon e o retrato de Rodolphe.
No mercado de Argueil, Charles encontra Rodolphe, diz que não lhe quer mal e pronuncia a frase "Foi culpa da fatalidade!", que Rodolphe, "que manobrara aquela fatalidade", acha cômica. No dia seguinte, a filha o encontra morto no caramanchão, com uma madeixa de cabelos negros na mão. Vendido tudo, Berthe vai para a avó, que morre no mesmo ano, e depois para uma tia pobre, que a põe numa fábrica de fiação.
Homais, enquanto isso, persegue no jornal o cego que não conseguiu curar até vê-lo internado num hospício, afugenta três médicos da vila e ganha a condecoração. O desfecho é mais frio que a moral do vício punido: os amantes que calcularam seguem a vida, o marido que não calculou é destruído, e quem prospera é o homem que não arriscou nada por ninguém.