O tema central de Madame Bovary é o desejo de uma mulher educada por romances, que espera da vida o que só existe nos livros, e a cobrança que a realidade faz dessa diferença, uma cobrança que chega em dinheiro, e não em sermão.
O livro mostra o mecanismo pela repetição. O vocabulário do infinito que Emma troca com Léon no jantar de chegada a Yonville volta, com outra intenção, na boca de Rodolphe no comício agrícola. Com cada homem o ciclo é parecido, exaltação e depois tédio, até que, com Léon em Rouen, ela encontra "no adultério toda a insipidez do casamento". Ao escrever ao amante, Emma já vê "outro homem, um fantasma" feito das suas recordações e leituras, e nenhum homem real compete com ele.
Em volta desse eixo correm os outros temas. A religião aparece como mais uma fonte de sensação: depois do abandono de Rodolphe, Emma dirige a Deus "as mesmas palavras de suavidade" que murmurara ao amante e se levanta com "um vago sentimento de um imenso logro". A linguagem é de segunda mão, a dos romances, a dos discursos oficiais, a do jornal de Homais, e o narrador chega a dizer que "a palavra humana é como um caldeirão rachado". E o dinheiro, pelas letras de câmbio de Lheureux, acompanha cada passo do adultério.
O desfecho fecha o tema com ironia. O romance não termina punindo o vício e premiando a virtude: termina premiando Homais, o homem que não arriscou nada por ninguém, enquanto o amor de Emma, os dos amantes e o de Charles são descartados ou destruídos.