O Mestre e Margarida termina com um perdão e um refúgio: o mestre liberta Pôncio Pilatos com uma frase, e ele e Margarida seguem para uma casa eterna; no Epílogo, a investigação explica tudo por hipnose, e Ivan continua a sonhar com eles.
No capítulo 30, Azazello leva ao subsolo do casal um Falerno, "o mesmo vinho que o procurador da Judeia bebeu". Os dois morrem com o brinde, o subsolo arde, e o mestre passa pela clínica para se despedir de Ivan, a quem chama de discípulo. No capítulo 31, nas colinas dos Pardais, Margarida olha para trás e, no lugar de Moscou, vê só neblina.
No capítulo 32, numa planície de pedra, Woland mostra Pilatos sentado há cerca de dois mil anos numa poltrona, insone a cada lua cheia, querendo seguir pelo caminho da lua para conversar com o prisioneiro Ha-Notzri, a quem, como diz, ficou de dizer algo. Margarida pede que o deixem ir, e Woland responde que não é preciso interceder, porque aquele que quer conversar com Pilatos já o fez. O mestre grita: "Está livre! Está livre! Ele está esperando por você!", e Pilatos corre pelo caminho lunar atrás do cachorro. Ao mestre, Woland oferece uma casa com parreiras e música de Schubert, "aquilo que Yeshua pediu por vocês".
No Epílogo, a investigação atribui tudo a uma quadrilha de hipnotizadores. Ivan, professor do Instituto de História e Filosofia, volta a cada lua cheia de primavera ao banco de Patriarchi Prudý e sonha com o procurador e com o mestre, que lhe diz: "Terminou assim, meu discípulo".