Numa Moscou soviética dos anos 1930, um visitante misterioso desmonta as certezas de uma cidade que não acredita em nada além de si mesma, enquanto um romance sobre Pôncio Pilatos corre em paralelo, em Yerushalaim.
Primeira Parte
Num fim de tarde quente, em Patriarchi Prudý, o editor Berlioz, presidente da associação literária Massolit, repreende o jovem poeta Ivan Bezdômny: o poema antirreligioso que lhe encomendou retrata um Jesus de traços negativos, quando o certo seria negar que ele tenha existido. Um estrangeiro elegante, que se apresenta como consultor, se junta a eles e conta, como testemunha ocular, a manhã em que o procurador Pôncio Pilatos recebeu para julgamento o prisioneiro Yeshua Ha-Notzri. Antes de a conversa acabar, prediz a morte de Berlioz. Minutos depois, Berlioz escorrega no óleo de girassol derramado por uma mulher, Ánnuchka, cai sob um bonde e é decapitado. Ivan persegue o estrangeiro, mas só consegue ser internado numa clínica psiquiátrica, onde um médico de cavanhaque pontudo o diagnostica sem ouvi-lo direito.
O estrangeiro é Woland, que se instala no apartamento 50 com a comitiva: o intérprete Korôviev, também chamado Fagot, o gato gigante Behemoth, o ruivo Azazello e a vampira Hella. Stiopa Likhodiêiev, diretor do Teatro de Variedades, acorda de ressaca e é lançado a Ialta. O presidente do condomínio, Nikanor Ivânovitch Bossôi, aceita um maço de Korôviev e é preso quando o dinheiro vira dólares. O diretor financeiro Rímski, atacado por vampiros, foge para Leningrado. Na sessão de magia negra, uma chuva de dinheiro cai sobre a plateia, Behemoth arranca a cabeça do mestre de cerimônias Bengálski, e Woland conclui que os moscovitas são gente como as outras, corrompida apenas pelo problema habitacional.
Na clínica, Ivan recebe à noite um visitante que entra pela varanda: o mestre, que se recusa a dizer o nome. Historiador, ganhou na loteria, largou o museu e escreveu um romance sobre Pilatos. Na primavera anterior, cruzou na rua com uma mulher de flores amarelas, e os dois se apaixonaram. Ela o chama de mestre, lê o manuscrito e o incentiva. O editor recusa o livro, críticos como Latunski o atacam e, em outubro, o mestre, doente de medo, queima o manuscrito no forno. A mulher salva só um maço de folhas chamuscadas. O vizinho Aloísi Mogarytch o denuncia para ficar com o apartamento, e o mestre acaba internado.
O romance de Pilatos avança até o Gólgota: sob calor insuportável, Yeshua morre entre Dismas e Gestas, e Mateus Levi, o único discípulo que se aproximou, amaldiçoa o céu e leva o corpo depois da tempestade.
Segunda Parte
Margarida Nikoláievna, trinta anos, casada com um marido rico e bom a quem não ama, vive de luto pelo mestre. Num banco junto ao muro do Kremlin, é abordada por Azazello, que cita o romance queimado e lhe dá um creme. À noite ela o passa, rejuvenesce, ganha o poder de voar, deixa um bilhete ao marido e parte numa vassoura. Sobrevoa Moscou e destrói o apartamento do crítico Latunski, o homem que arruinou o mestre.
No apartamento 50, Margarida é apresentada à comitiva e preside, como rainha, o grande baile de Satanás: recebe por três horas assassinos, envenenadoras e traidores mortos, que sobem por uma escada infinita. Entre eles está Frida, condenada a reencontrar toda manhã o lenço com que sufocou o filho. No fim, Woland recebe num prato a cabeça de Berlioz e a transforma em taça, e o barão Meigel, espião, é morto por Azazello. Woland oferece a Margarida um desejo. Ela pede primeiro por Frida, que é perdoada, e só então pelo mestre, que reaparece de roupão, assustado. Behemoth tira o romance intacto de baixo do próprio corpo, e os dois voltam ao porão onde tudo começou.
O fio de Pilatos se fecha com Judas de Kerioth: o procurador, insone, encarrega o chefe de sua guarda secreta, Afrânio, de zelar pela segurança de Judas, e é por meio dele que Judas é morto em Getsêmani, esfaqueado por homens que lhe tomam a bolsa de trinta tetradracmas. Em Moscou, uma comissão tenta reconstruir os fatos entre depoimentos contraditórios. Behemoth incendeia o apartamento 50 e escapa, e ele e Korôviev ainda ateiam fogo à loja Torgsin e à casa Griboiêdov.
Mateus Levi aparece diante de Woland e pede que leve o mestre e Margarida: ele não fez por merecer a luz, mas merece a tranquilidade. Azazello lhes entrega um vinho, e ambos caem. Ao se levantarem, o subsolo arde, e os dois montam cavalos pretos. Na clínica, o mestre se despede de Ivan, e o paciente do quarto 118, o próprio mestre, morre no mesmo instante. Nas colinas dos pardais, o mestre se despede de Moscou, e a comitiva parte. Na noite de lua, os disfarces caem, e chegam a uma planície onde Pilatos está sentado numa poltrona de pedra há quase dois mil anos, com o cão, sofrendo de insônia. Woland avisa que aquele com quem Pilatos quer conversar já intercedeu por ele, e o mestre, ao terminar o romance, o liberta: Pilatos corre pelo caminho lunar atrás do cão, ao encontro de Yeshua. O mestre e Margarida recebem uma casa com parreiras, música à noite e penas para escrever.
No Epílogo, Moscou atribui tudo a uma quadrilha de hipnotizadores. Ivan, agora professor, curado, volta toda lua cheia de primavera ao banco de Patriarchi Prudý e sonha com Pilatos e Yeshua, e com o mestre e Margarida.