O mestre é o escritor sem nome que dá título ao livro: um historiador que escreveu um romance sobre Pôncio Pilatos, viu o livro recusado e atacado, queimou o manuscrito e foi parar numa clínica psiquiátrica, onde aparece pela primeira vez no capítulo 13.
Ele conta a Ivan a própria história. Historiador de formação, trabalhava num museu de Moscou, ganhou cem mil rublos num bilhete, alugou dois cômodos num subsolo perto da Arbat e passou a escrever sobre Pilatos. Na rua cruzou com uma mulher que levava "flores abomináveis, de um amarelo inquietante", e os dois se apaixonaram na hora: "O amor surgiu diante de nós, como um assassino que surge do nada em uma travessa". O editor recusou o romance, os críticos o atacaram com a expressão "pilatismo", e o mestre, doente de medo, queimou o manuscrito no forno.
Margarida o resgata depois do baile de satanás, e Woland lhe devolve o romance intacto. No capítulo 29, Mateus Levi leva a Woland o veredito sobre ele: "Ele não fez por merecer a luz, fez por merecer a tranquilidade". No fim, o mestre liberta Pilatos com uma frase e segue com Margarida para a casa eterna.
Ele entra no livro abrindo mão do nome e sai perdendo a memória, que começa a se apagar a caminho da casa eterna, logo depois de ele terminar o próprio romance. O que fica dele em Moscou é a palavra com que se despede de Ivan: "Adeus, meu discípulo".