O título nomeia o casal cuja história atravessa o livro: o mestre, escritor sem nome que compôs um romance sobre Pôncio Pilatos, e Margarida, a mulher que o ama e vai buscá-lo. É por eles que a sátira de Moscou e o romance sobre Pilatos se encontram.
Os dois entram tarde. O mestre só aparece no capítulo 13, que se chama "Surge o herói", e recusa o próprio nome: "Renunciei ao meu nome, como renunciei a tudo na vida." Ele se apresenta pelo título, "Sou um mestre", e conta a Ivan que foi a amada quem começou a chamá-lo assim, enquanto lia o romance que ele escrevia num subsolo perto da Arbat. Ela só é apresentada pelo nome no capítulo 19, que abre a Segunda parte e se chama "Margarida".
A partir daí é Margarida quem conduz a ação: aceita o convite da comitiva de Woland, vira bruxa, preside o baile de satanás e, como paga, pede o mestre de volta. O nome dela pesa dentro da história, porque, segundo Korôviev, a dona do baile precisa se chamar Margarida e ser nativa da cidade.
O título põe lado a lado um homem que abriu mão do nome e uma mulher cujo nome era condição para ser escolhida. O livro termina com os dois juntos, a caminho da casa eterna, e com a memória do mestre começando a se apagar logo depois de ele terminar o próprio romance.