O Mestre e Margarida conta a passagem do diabo por Moscou, onde ele aparece como Woland, um estrangeiro especialista em magia negra, e entrelaça essa sátira com um romance sobre Pôncio Pilatos e com a história de amor entre um escritor perseguido, o mestre, e Margarida.
Na Primeira parte, num banco de Patriarchi Prudý, Woland anuncia ao editor Berlioz que vão cortar a cabeça dele; pouco depois, Berlioz escorrega no óleo de girassol derramado por Ánnuchka e é decapitado por um bonde. O poeta Ivan Bezdômny, que viu tudo, tenta contar a verdade e acaba internado numa clínica psiquiátrica, enquanto a comitiva de Woland se instala no apartamento 50 e faz uma sessão de magia negra no Teatro de Variedades. No capítulo 13 surge o herói: o mestre, vizinho de Ivan na clínica, que escreveu um romance sobre Pilatos, foi atacado pelos críticos e queimou o manuscrito.
Os capítulos de Yerushalaim correm intercalados: o julgamento de Yeshua Ha-Notzri no capítulo 2, a execução no 16, e a trama contra Judas de Kerioth e a morte dele nos capítulos 25 e 26.
Na Segunda parte, Margarida aceita o convite de Azazello, vira bruxa com um creme e preside o baile de satanás. Como paga, recebe o mestre de volta, e o romance queimado reaparece intacto. No fim, os dois morrem, deixam Moscou com a comitiva e, depois que o mestre liberta Pilatos com uma frase, seguem para uma casa eterna. No Epílogo, Ivan, já professor, sonha com o procurador e com o mestre a cada lua cheia de primavera.