O tema central de O Mestre e Margarida é o bem e o mal, postos à prova em dois tempos: na Moscou aonde o diabo chega e na Yerushalaim onde Pilatos julga Yeshua. Em torno dele giram a covardia, o perdão, o amor e o destino da arte num mundo que a persegue.
A tese moral vem de Yeshua, que diz a Pilatos: "Não existem pessoas maldosas no mundo." O contraponto vem de Woland, que pergunta a Mateus Levi "o que faria a sua bondade se não existisse a maldade". O romance deixa de pé as duas frases. Em Moscou, a comitiva expõe o mal que já estava ali: a plateia do Teatro de Variedades se atropela pelo dinheiro que cai da cúpula, e Woland conclui que são pessoas comuns, "só que o problema habitacional as corrompeu".
Em Yerushalaim, o mal tem outra cara: a covardia de um homem que não se julga mau. Pilatos conclui que o prisioneiro não cometeu crime e mesmo assim confirma a sentença, e a frase de Yeshua que chega até ele depois da execução é a régua do livro: "entre todas as fraquezas humanas a que ele considera pior é a covardia". Pilatos fica cerca de dois mil anos preso à conversa interrompida; o mestre, que queimou o próprio romance com medo, recebe o sossego e não a luz; e Margarida, que arrisca tudo por amor, pede clemência para Frida e para Pilatos.